পরবর্তীতে অজ্ঞাত কারণে আইএসিআইবি’র চেয়ারম্যান ডাঃ মোয়াজ্জেম হোসেন চুক্তিপত্রের শর্ত ভঙ্গ করে হাসপাতালটির সার্বিক কর্মকান্ড বন্ধসহ হস্তান্তর করার প্রস্তাবনা দিলে বিপিডিএ কর্তৃপক্ষ জনস্বার্থে তা প্রত্যাখ্যান করে হাসপাতালটির কার্যক্রম চালু রাখেন। পরে স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয় ও স্বাস্থ্য অধিদপ্তরের পত্রের আলোকে জেলা প্রশাসক ও সিভিল সার্জন, সৈয়দপুর ফাইলেরিয়া হাসপাতালটি পরিচালনার সিদ্ধান্ত গ্রহণ করলে বিপিডিএ’র স্বত্ত¡ ও স্বার্থ ক্ষুন্ন হওয়াসহ প্রতিষ্ঠানটি পূর্বের ন্যায় সকল কর্মকান্ড পরিচালনায় বাধা ও আইনগত জটিলতা সৃষ্টির আশংকায় বিপিডিএ নির্বাহী পরিষদের চেয়ারম্যান, কেন্দ্রিয় কমিটির মহাসচিব ও সৈয়দপুর ফাইলেরিয়া এন্ড জেনারেল হাসপাতালের পরিচালক মোঃ রাকিবুল ইসলাম মহামান্য হাইকোটে ১০৫০১/২১ নং রিট পিটিশন আনয়ন করেন। মহামান্য হাইকোট বিপিডিএ’র দাখিলী হাসপাতাল পরিচালনার চুক্তিপত্র, উদ্যোক্তা সৃষ্টি দক্ষতা উন্নয়ন প্রকল্প বাংলাদেশ বিনিয়োগ উন্নয়ন কর্তৃপক্ষ (বিডা) প্রধানমন্ত্রীর কার্যালয়ের রেজিস্ট্রেশনের অনুমোদিত কার্যক্রম পরিচালনা ও চুক্তির সকল শর্তাবলি বাস্তবায়নের জন্য স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয় ও স্বাস্থ্য অধিদপ্তরের সিদ্ধান্তের উপর বিপিডিএ’র স্বত্ব ও স্বার্থ প্রতিষ্ঠার জন্য আদেশ দেন। মহামান্য হাইকোর্টের আদেশ বলে বিপিডিএ চুক্তিপত্রের শর্ত অনুযায়ী প্রতিষ্ঠান পরিচালনা ও ইএসডিপি রেজিস্ট্রেশনের অনুমোদিত প্রশিক্ষণ ও যাবতীয় কার্যক্রম পরিচালনা করে আসছে।